BOT合約爭議適用民法，非為行政裁罰所屬之行政法：ETC建置營運契約是高公局依據促參法相關規定與遠通電收所簽訂。依促參法第12條規定「主辦機關與民間機構之權利義務，除本法另有規定外，依投資契約之約定；契約無約定者，適用民事法相關之規定。」合約雙方適用的法律基礎為民法，此與民眾交通違規時收到行政機關罰單所立基的行政法有所不同。
協調委員會公正、獨立，採『合議制』決議：ETC履約爭議發生時，任何一方皆可循契約內規範、聲請召開協調委員會，由公正、獨立的法界與交通界專家學者組成的協調委員會，自法理基礎釐清雙方爭議處，此機制於雙方96年簽約後未久即成立至今，ETC建置營運契約履約爭議發生時，任何一方皆可請求召開協調委員會進行爭議協調。ETC案協調委員會採合議制，任何決議須經絕對多數同意(2/3出席，出席2/3同意)。
委員會將依法理釐清合約爭議：就高公局主張遠通應給付違約金乙事，遠通依約提交協調委員會處理。協調委員會審酌雙方意見後，認為高公局是否有權請求遠通給付違約金，尚有疑義，協調委員會為求慎重，認為應先釐清事實與法理基礎，要求雙方盡速補足文件，並再次召開會議。在釐清疑義前，委員會建請高公局暫緩行使。
遠通依法有據、可受檢驗：遠通所有一切均依合約行事且依法有據，可受各方檢驗，身為BOT的營運廠商和民間公司，所謂遠通享特權或包庇遠通云云之說法，均與事實不符。遠通尊重協調委員會超然、獨立立場，於委員會做出決議前，不再對外說明主張；同時也籲請社會各方尊重協調委員會超然立場，並給予獨立的行使空間。