遠通eTag在超商的補繳手續費是由超商收取，並不是進到遠通的口袋。
就像許多政府規費到超商繳交也都需要繳手續費(如換駕照、行照..等)，此費用為超商所收，遠通為便利用路人，已提供遠通服務中心及遠通直營門市免手續費之服務，且服務據點持續拓展當中。
ETC逾期補繳的作業處理費，和停車費補繳的通知處理費相同。包含郵局雙掛號費用、印花費用和人事成本，作業處理費並不是遠通電收的收入。如果每個用路人都按時補繳，遠通電收不用額外對用路人進行補繳通知。