ETC案的協調委員一共九人,由雙方依據ETC契約中的協調委員會組織章程選出,包含高公局與遠通的代表各兩人,其他為五人為共同推薦的法律、工程、財務等專家學者,並非外界所指有二分之一成員皆為遠通所推派。

2012年立委對ETC協調委員會的組成有意見,高公局於是要求修改協調委員會章程,比照行政程序法關於迴避的規定,在章程中加入了迴避條款,因此契約雙方的高公局與遠通代表直接退出,改由民間學者專家接任,而目前的協調委員會是第二屆的委員所組成。一般來說,BOT案的協調委員會,通常都要有各自一方的人員來代表雙方說話的,就像仲裁的機制會有三個仲裁人,雙方各選一個代表,再選一個主任仲裁人。